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Após a explosão da torre Cidatel, Gordon se encontra mais uma vez o misterioso G-Man, porém dessa vez ele é regatado pela raça alienígena os Vortigauns assim como Alyx. Apos esse golpe de sorte os dois se encontram nas proximidades da Cidatel, sem saber ao certo como sobreviveram, os dois recebem uma mensagem do Doutor Eli e o Doutor Isaac dizendo que o reator de Cidatel entrou em colapso e explodirá em algumas horas e que a única chance de sobrevivência Alyx e Gordon seria entrar de novo em Cidatel, ir a sala do reator e achar alguma forma de atrasar a fusão do núcleo.
